Formé en 1989 sous le nom de Morbid God par Fernando Ribeiro, Ares, et deux autres musiciens, le groupe officiait initialement dans un registre Black-Metal aux sonorités orientales. Leur style musical va par la suite évoluer au fur et à mesure des sorties.
En 1992, le groupe est rebaptisé et s'appelle donc Moonspell. En 1993, la démo Anno Satanae voit le jour. Fort d'une popularité croissante, le groupe participe à la première partie du concert de Cradle Of Filth à Lisbonne, en 1994. Peu de temps après, le groupe enregistre son premier EP, Under the Moonspell, puis signe avec la maison de disques Century Media Records et publie son premier album Wolfheart. Salué par la critique, cet opus leur permit d'enchaîner les concerts, dans un premier temps au Portugal.

La sortie de l'album Irreligious marque l'un des premiers succès du groupe : le titre Opium est inclus dans diverses compilations et sa vidéo largement diffusée. Ce titre reste l'un des plus connu du groupe et il est d'ailleurs souvent joué pour clore les concerts.

Au cours de la période 1998-2000, Moonspell s'oriente dans une veine plus expérimentale avec Sin/Pecado et surtout The Butterfly Effect. Avec cet album, le groupe semble se frotter à un Metal avant-gardiste, par sa nature extrêmement expérimentale et audacieuse. Mais cet album fut mal reçu par les critiques. En parallèle, ils sortent en 1998 un album de Black-Metal sous le nom de Daemonarch (avec une reprise de Call From The Grave de Bathory), groupe rappelant fortement les débuts de Morbid God.

En 2003, le groupe reprend le titre jazz I'll See You In My Dreams pour la bande annonce d'un film d'horreur portugais. La même année, ils sortent l'album The Antidote, inspiré par le roman du même nom de l'écrivain José Luis Peixoto. En janvier 2005, Fernando Ribeiro publie lui un recueil de poèmes intitulé Les Blessures Essentielles.

Après une tournée éclair en ouverture de Cradle of Filth début 2005, le groupe se remet au travail. L'album Memorial est enregistré. N'ayant toujours pas de bassiste définitif, c'est Waldemar Sorychta (Grip Inc, Lacuna Coil,Sentenced,Tiamat,Voodoocult...) qui assure la basse sur ce nouvel opus. Sorti le 24 avril 2006 chez SPV, l'album marque un certain retour à leurs racines extrême qu'ils mêlent intimement aux ambiances et aux couleurs gothiques. En live, c'est Aires Pereira qui tient la basse depuis.

Un best of, The Great Silver Eye, est sorti le 26 juin 2007. En octobre 2007 c'est Under Satanae qui paraît, où le groupe reprend ses chansons du début de carrière avec un son remasterisé. Des chansons issues de leur premier EP et de leur première démo se retrouvent sur cet enregistrement.

Le nouvel album Night Eternal est sorti le 16 mai 2008 en Europe et le 10 juin 2008 en Amerique du nord. Cette nouvelle sortie permet à Moonspell d'enchaîner de nombreuses dates, en Europe, mais aussi aux Etats-Unis et en Amérique du Sud. La même année, le premier DVD sort le 15 décembre 2008. Lusitanian Metal reprend alors toute la carrière du groupe, de ses débuts jusqu'à 2003.